SMP Negeri 2 Merauke terbentuk berawal dari integrasi SMEP menjadi SMP yaitu mulai tanggal 1 Januari 1977 dengan no sk 1.3.0.110 kep 76 tanggal 31 Desember 1976, Sedangkan integrasi SMEP Negeri Merauke menjadi SMP N II Merauke berdasarkan surat keputusan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Republik Indonesia No 030/U/1979 yaitu tentang:” Pelaksanaan Integrasi Sekolah Menengah Tingkat Kejuruan Pertama menjadi Sekolah Umum Tingkat Pertama”. Berdasarkan SK no 030/U/79 pada tanggal 17 februari 1979, proses integrasi inilah yang sekarang kita peringati sebagai awal terbentuknyanya SMP Negeri 2 Merauke. Pada saat itu di kompleks SMP Negeri 2 Merauke, masih satu kompleks dengan kantor Departemen Pendidikan Dan Kebudayaan wilayah Merauke. Letak sekolah di Jl. Brawijaya Kec. Merauke, Kab. Merauke. Gedung sekolah yang digunakan sekarang adalah gedung SMEP yang sudah berdiri sejak tanggal 1 Desember 1963 hingga sekarang. SMP Negeri 2 Merauke Sudah 7 kali mengalami pergantian kepala sekolah defenitif. Adapun kepala sekolah yang menjabat pada terbentuknya SMP N 2 Merauke. Menempati luas lahan 14.687 m2 SMP NEGERI 2 MERAUKE terdiri dari 3 tingkatan kelas dengan masing-masingnya 9 rombongan belajar.
Lokasi sekolah berada di kawasan pemukiman yang relatif tenang dan mudah dijangkau oleh sarana angkutan umum. Dengan suasana yang kondusif tersebut, sekolah memiliki peluang besar untuk lebih meningkatkan proses pembelajaran yang berkualitas sesuai dengan visi dan misi sekolah yang telah ditetapkan.
Penyelenggaraan pendidikan di SMP NEGERI 2 MERAUKE sudah menggunakan Kurikulum 2013 pada semua tingkatan kelas (7,8 dan 9).
Maju terus SMPN 2 Merauke